Для включения SSL сертификата у вашем магазине, нужно в админ панели CMS у разделе: система-настройки-изменить-сервер, у графе: "Использовать SSL", нажмите - Да!.
После этого у конфигурационных файлах: site.ua/config.php и site.ua/config.php исправьте пути на https, вместо http.
А процесс заказа и установки сертификата на домен, показан здесь
Еще нужно сделать редирект с адресов http на https. Кажется, что это можно сделать у файле .htaccess, но я попросил своего хостера и он это сделал на стороне сервера.